平安时代从西方来了一条樱龙，樱龙是种半龙半植物又有人类特征的神，樱龙到达只狼所在的地区后，原本在当地的小神们全都被吓跑了。
当地的贵族供奉着樱龙并成立仙境源之宫，然后在山上养殖鲤鱼。山上的水因为含有樱龙的力量而让生物有变异与不死的特性，但不死的代价就是必须吸收他人的生命，当地的皇族因为拥有了名为龙胤的力量，能让人不死。
贵族们研究樱龙的力量达到不死但身体开始变化成非人，山上的水与受影响的虫造成下游的平地地区出现不死的生物，有寺院偏离佛道因此开始研究不死之术，人们也出现喝某种水能养成不死的肉体。
之后日本经历战国末期，也就是故事的二十年前，剑圣苇名一心发动盗国之战，主角在战场上被忍者大师枭（猫头鹰）捡到收为养子并取名为狼，在主角长大后枭命令他认御子为主人。
时光荏苒如梭，二十年后，苇名国力变弱，国主也就是一心收养的孙子苇名弦一郎，想得到御子不死的力量龙胤，而夺走了御子。
之后就是游戏内容开始，随着故事发展，发现因为龙胤的力量，人们活着的方式逐渐改变，而御子希望能改变这种现象，所以拜托狼寻找解决之道。
本作中使用大量佛教要素，各结局都有佛教的要素存在，无论是化为鬼的修罗，还是成为雕佛师的轮回，与御子成长后的结局都有佛教的要素存在，而龙胤的力量也是参考佛教一些知名故事。
只狼雕佛师剧情
从剧中的对话来看，雕佛师就是侍奉丈的忍者飞猿，也就是机关斧的原本主人，至于丈是在御子之前的龙胤之力持有者。
雕佛师曾与一心有讨伐山中的猴子，狮子猿脖子上的刀有可能是他的，在一心与永真药师的设定中他们两人都曾斩过修罗，这在修罗路线的对战的剧情中会提到。
雕佛师过去在战场捡到药师永真并培育到成人，永真跟一心学习剑术，一直到斩了修罗才封刀，而被斩的修罗很可能就是雕佛师，他也与狼相同，与主人有龙胤契约成为不死人，所以在剧情中最后压抑不住怨念化为恶鬼。
雕佛师化为鬼的设定也呼应修罗结局最后提到的内容，只狼化为修罗的结局后杀戮四方造成百姓与士兵伤亡无数，并在这之后当地出现鬼的传说，也可能是指狼跟雕佛师一样拥有不死之力最终暴走变成恶鬼。
在只狼成为雕佛师结局中，药师永真将忍义手交给狼保管，让他能再交给之后寻求力量的忍者，这也代表雕佛师结局并不是狼自己处于轮回当中，毕竟雕佛师有很大部份与狼是相似的。
最后真心希望只狼开发续作，这新IP的世界观简直太迷人了，期待只狼2的开发。
附注：
１.游戏中大量使用佛教用语，所谓西方更有可能指西方极乐世界或印度。
２.龙胤的用法偏向于西游记的三藏或阴阳师的八百比丘尼。所以无论是给米或是御子加强不死次数，都是在暗示只狼吃的龙胤是当事人的血肉。