朝堂之上，党羽之争再常见不过。面对这些纷扰，苏轼向来坚持自己为官为民的初心。
虽然此时已经是保守派当政，但苏轼对司马光全盘否定王安石变法的行为也很是看不上，几次以自己在地方主政的经历向司马光进言王安石变法中有值得肯定的地方，不要全部舍弃。但是，作为一个老派人，司马光活着的使命就是废除王安石实施的一切法令。所以，对于苏轼的意见，司马光充耳不闻，气得苏轼一个劲儿地喊：“司马牛！司马牛！”
尽管苏轼为保留王安石的部分法令出了力，但形势不是他一人所能挽回的。
在司马光主持下，王安石当政时期的所有法令都被废除了。苏轼觉得难以和司马光一起共事，不禁感叹道：
“念我山中人，久与麋鹿并。误出挂世网，举动俗所惊。归田虽未果，已觉去就轻。”
苏轼觉得自己难以在朝中待下去了，于是，他请求外放，去出任地方官，但这个请求被朝廷拒绝了。
道不同，不相为谋。
因为在变法上的主张不同，苏轼在朝廷上几乎成了孤家寡人，而他唯一的知音是高太皇太后。在得知苏轼几次上书要求外放后，高太皇太后召见了苏轼，询问缘由：为什么其他人都希望在朝中做事，你却想着要去当地方官呢？
面对太皇太后的询问，苏轼阐明了自己在朝堂中的处境，不是我不想在朝中干，是形势逼得我无法干。
苏轼知道自己已经成为保守派的对立面，他们视自己为仇敌。“二年之中，四遭口语。”这让人怎么活？所以，“臣若不早去，必致倾危”。经历了“乌台诗案”的苏轼，对于对手欲置自己于死地的意图非常明了。自己在地方上任职，都无法逃脱他们的戕害，现在在他们的眼皮底下，岂不是随时都能被他们抓住错？真有那么一天，只怕太皇太后也救不了自己。
于是，在苏轼再三请求下，元祐四年（1089）三月十六日，苏轼被批准以龙图阁学士的身份出任浙西路兵马钤辖兼杭州知州。
三个月后，苏轼抵达杭州上任。杭州对于苏轼来说，是故地重游了。只是苏轼自己也没想到与杭州的再一次重逢，已是十五年了。
重新踏上杭州的土地，行走在西湖边，苏轼的心情是欣喜与激动的。人生如梦，充满了捉摸不定的偶然。
当年离开杭州，以为这辈子都不可能再回来了，没想到，兜兜转转，自己又能和雨雾迷蒙的西湖重逢，又能看见“白雨跳珠乱入船”的诗意画面。虽然十五年的岁月让苏轼的两鬓爬上了白发，但杭州的山水，依然柔情无限。苏轼站在那里，看着妩媚的杭州展现着它的柔情，不由得许下心愿，要努力为杭州的山水增色。
与十五年前初见杭州山水时的惊喜不同，此时等待苏轼的，是严重的灾情。
在年初，杭州就遭遇了水灾，使得早稻无法播种下去。好容易熬到了五六月，杭州民众想着赶紧把晚稻种下去，以避免年底和明年的饥荒，却没想到又遇到了旱灾。这下，要彻底绝收了。日子怎么过？大家一下子陷入迷茫之中，就等着新上任的知州苏轼拿主意了。
面对这双重的灾情，苏轼立刻向朝廷上表，请求救济。但杭州历来是向朝廷交粮最多的地方，现在反倒需要朝廷拨粮救济，反差太大，朝廷自然不会轻易答应。好在苏轼反复上表，这才打动朝廷发下了救济粮，总算是避免了一次大的饥荒。
粮食问题解决了，但灾害导致的瘟疫又开始横行。面对比饥饿更可怕的灾难，穷困的杭州人无法可想，只能坐以待毙。
苏轼面对此种情景，自然不会袖手旁观，他把民间懂医术的人召集起来，商量该采用哪种药物来对付瘟疫。最后，确定了一种名为“圣散子”的药物为救命良药。为此，苏轼自掏腰包，采购原料，然后让大夫配制出来，在大街上支上几口大锅熬药，让每个人都喝上一碗。经过艰苦细致的工作，横行一时的瘟疫总算是消退了。
经历大难的杭州，终于恢复了宁静。
但苏轼却没有时间休息，他又开始巡视杭州的山形水利，准备彻底疏浚杭州的河湖，解决杭州面临的水旱问题。通过实地调查，苏轼认为要治理好杭州的水利，首先要疏通盐桥和茅山两条河。杭州刚经历大难，人力疲乏，自然经不起这样的大工程。苏轼就利用自己掌管兵马的便利，调动上千名地方军，整整干了半年时间，最终工程顺利完工，还捎带着把杭州城中的六井进行了疏通，一举解决了杭州城的饮水问题。
苏轼上任不到一年，就完成了两件民生工程，杭州百姓认定他是一位能干实事的好官。于是，派出代表向他提出治理西湖的请求。他们的理由很直接：
“西湖之利，上自运河，下及民田，亿万生聚，饮食所资，非止为游观之美。”
文人眼里的西湖，是秀雅的，但百姓眼里的西湖，却是衣食所依。而近几年，西湖因为淤塞，水面减半、水草疯长，再这样下去，恐怕二十年后，西湖就消失了。
其实，苏轼也有同感。他在治理杭州时，曾面对西湖叹息道：“葑合平湖久芜漫，人经丰岁尚凋疏。”曾经的人间天堂，因为失去了水的庇护，而变得凋零，这对于对杭州有着特殊情感的苏轼来说，是决不能允许的：“使杭州而无西湖，如人去其眉目，岂复为人乎？”
按照经验，苏轼又开始进行实地考察，与水利专家一起商讨治理计划，又利用救灾剩下的钱粮，召集民工，用“以工代赈”的方法，趁着黄梅雨后葑草浮动之时，马上开始挖葑滩，疏浚湖底。
在古代，治理河道的工程都是超级大工程，西湖淤塞了好几年，从湖底挖出的淤泥堆积如山，如何处置，就成了一个大难题。苏轼来到现场，几经思考，终于想出了一个两全其美的法子——用这些淤泥在湖中筑起一道长堤，将里湖和外湖沟通，这样，以后南北往来，就不需要绕着湖走一圈了。
到了端午节，筑堤工程完工在即，杭州民众担猪抬酒，来给苏轼拜节。
面对民众的好意，苏轼无法拒绝。如何处理这么多的猪肉和酒呢？苏轼自然是一个不缺主意的人。他让人把这些猪肉切成方块，按照他在黄州摸索出来的红烧猪肉的办法，“洗净铛，少著水，柴头罨烟焰不起。待他自熟莫催他，火候足时他自美”。等到肉烧熟了，苏轼命人把肉送到工地，给每位民工分上一块。有如此美味的红烧肉，再加上酒，民工吃得乐呵呵的，并把这红烧猪肉命名为“东坡肉”。一道千古名菜，就这样诞生了。
苏轼站在西湖边，看着繁忙工地上的热闹景象，遥想着工程竣工后，这里又将恢复过去那让人心动的美景，而杭州的未来，也会因为这工程的完工而变得更加欣欣向荣：
是呀，光满万家楼，月明千顷，这才是苏轼为官杭州的追求。“古岸开青葑，新渠走碧流。会看光满万家楼。记取他年扶路、入西州。佳节连梅雨，余生寄叶舟。只将菱角与鸡头。更有月明千顷、一时留。”
工程完工后，西湖的面貌焕然一新。杂乱的水草被清除了，淤泥变成了长堤，湖面也开阔了。作为文人的苏轼自然懂得如何增加西湖的情趣之美，他让人在长堤的两旁种满了芙蓉、杨柳，又修建了九座亭阁，从而让西湖更加秀美动人。
杭州老少，在堤岸上欢呼雀跃，庆贺美丽的西湖又重回人间。
西湖整治完毕，苏轼见西湖沿岸水浅之处很容易滋生水草，日子久了，湖面又会被水草覆盖，于是，就把沿岸的湖面租给农民种植菱角。这样，农民在开春种植菱角时，就需要除去岸边的水草。
这个办法不仅能使湖面得到及时清理，还能收取租金，用作西湖今后的维修费用，更解决了一些民众的生计问题。
此外，为了防止对西湖的过度开发，苏轼又在湖面上建了三座小石塔，禁止在小石塔以内的水域种植菱角。这样，就保持了西湖大部分水面的洁净，使得西湖的秀美不会因为副业开发而打折扣。而这三座小石塔，就是今天西湖上“三潭印月”美景的由来。
西湖治理是苏轼最为得意的工程，他曾写诗庆贺道：
“我凿西湖还旧观，一眼已尽西湖碧。”
来时西湖荒败难入眼，如今，西湖又是满眼碧色，成为人间天堂了。
现在，长堤依然留存在西湖之上，被誉为“苏堤”，而“苏堤春晓”则是“西湖十景”之一。春天是一个难以用某个词语赞美的季节，而杭州人也在以“苏堤春晓”来告诉后人，苏轼在杭州的功绩，难以用语言去形容。