康熙九年（1670年），亲政一年的康熙帝晓谕礼部，称“至治之世，不以法令为亟，而以教化为先。……盖法令禁于一时，而教化维于可久。若徒恃法令，而教化不先，是舍本而务末也。……朕今欲法古帝王尚德缓刑、化民成俗。”于是在顺治帝“六谕”的基础上颁布《圣谕十六条》，作为康熙的施政纲领，内容是“敦孝弟以重人伦、笃宗族以昭雍穆、和乡党以息争讼、重农桑以足衣食、尚节俭以惜财用、隆学校以端士习、黜异端以崇正学、讲法律以儆愚顽、明礼让以厚风俗、务本业以定民志、训子弟以禁非为、息诬告以全善良、诫匿逃以免株连、完钱粮以省催科、联保甲以弭盗贼、解雠忿以重身命” 。
康熙亲政后，着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。其中最著名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，南怀仁记载他巡视时亲切地接近老百姓，力图让所有人都能看见自己，就像在北京时的惯例一样，他谕令卫兵们不许阻止百姓靠近。
他尽力撤去一切尊严的夸饰，让百姓们靠近，以此向臣民展示祖先传下来的朴质精神。此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达112人。康熙最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。
康熙十二年（1673年），康熙帝撤藩，吴三桂起兵反清，其他二藩相继响应，最终在康熙二十一年（1681年）平定三藩。康熙朝由于平定三藩之乱以及抵御外来侵略的需要大量制造火器，无论是造炮规模、数量、种类，还是火炮的性能和制造技术，都达到了前所未有的水平。康熙朝中央政府所造的大小铜、铁炮达905门之多，而其中半数以上由南怀仁负责设计监造，就质量而言，其“工艺之精湛，造型之美观，炮体之坚固，均为后朝所莫及”。
乌兰布通之战后，康熙更加重视在战争中发挥火器的战斗威力，使火器营成为清军新的战斗编成。康熙采纳了大学士李光地的意见，授明郑降将施琅为福建水师提督，在康熙二十二年（1683年）出兵攻克台湾，郑克塽降清，康熙于翌年设置台湾府。后来雍正帝称述康熙的功绩说：“台湾地方，自古未属中国。皇考圣略神威，取入版图。”
康熙亲政后，宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。康熙认为“家给人足，而后世济”，在继续采取轻徭薄赋，与民生息的政策的同时，又采取了一系列措施巩固和发展经济。康熙帝废止贵族圈近京州县田地的特权，将土地让与百姓耕种；康熙在诏书上说：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令给还民间。”
清初规定垦荒三年内免税，以后改为六年；康熙十二年（1673年）重申新垦荒田十年后征税。这一政策刺激了农民垦荒的积极性，使耕地面积迅速增加。对于农民耕种的原先属于明朝宗室的土地，康熙下诏农民可以不必支付田价，照常耕种。对于已交过“易价银两”的，可以从来年的常税中冲洗。
康熙秉持“藏富于民”的思想，在陕、云、贵、川、粤等省全国二十多个省区蠲免钱粮丁银、通赋，其中重大蠲免计32次。并从康熙五十一年（1711年）开始，在全国范围内普免天下钱粮。下令“凡遇蠲免之年，免业主七分佃，户三分。”使佃农也能得到好处。在康熙皇帝在位的61年间，清政府蠲免钱粮共计545次，免除天下钱粮计银1.5亿两。
康熙对按丁征收丁税的方法进行改革。康熙五十一年（1712年）清廷决定，以康熙五十年（1711年）的丁税额数作为定额，以后新增人丁，不收丁税。这就叫做“盛世滋生人丁，永不加赋”。这样丁税额数便固定下来了，实现了地丁合一。这种办法先在康熙末年开始行之于广东、四川等省，到雍正元年（1723年）以后，又相继在各省普遍推行起来。
清初，黄河多次泛滥成灾，在河南、安徽一带经常决口，后来竟改道与淮河合流，从今天的苏北地区入海，既影响了漕运，又使许多良田成了沙洲，严重威胁着国库收入和人民生活。对此，康熙帝曾把“三藩、河务、漕运”作为其时三件大事，并亲自书写成条幅，悬挂于宫中大柱上。他选派靳辅为河道总督，又对治河专家陈湟，委以重任。
经过十年（1677年—1687年）的辛苦经营，终于使黄河、淮河各归故道。永定河原名浑河，又称“小黄河”，在流经北京附近时，常常淤塞成灾。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十几万民夫，在芦沟桥附近的良乡到东安，开掘了一条200里长的新河道，使原来的斥卤之地，成为膏腴良田。康熙曾亲自视察，并将浑河改名为“永定河”，赋予永远安定之义。
清朝初年，凡手工业工匠，均另有匠籍，要按政府规定服劳役，或者交纳班匠银代役。康熙三十九年（1700年），康熙下令将班匠银并入田赋中征收，从而使工匠们摆脱了人身的控制，有利于促进手工业发展。
康熙强调兴礼教，在康熙十八年（1679年）下诏说：“盛治之世，余一余三。盖仓廪足而礼教兴，水旱乃可无虞。比闻小民不知积蓄，一逢歉岁，率致流移。夫兴俭化民，食时用礼，惟良有司是赖。”康熙自幼就对儒家学说充满浓厚兴趣，认为“殊觉义理无穷，乐此不倦” 。康熙十六年（1677年）十二月，他在御制《日讲四书解义序》中，明确宣布他要将治统与道统合一，以儒家学说（尤其是程朱理学）为治国之本。
他曾举办博学鸿儒科，创建了南书房制度，并亲临曲阜拜谒孔庙。康熙还组织编辑与出版了《康熙字典》、《古今图书集成》、《全唐诗》、《佩文韵府》、《骈字类编》、《子史精华》、《朱子全书》、《大清一统志》、《历象考成》、《数理精蕴》、《康熙永年历法》、《康熙皇舆全览图》等图书、历法和地图。
康熙对西方文化也感兴趣，向来华传教士学习代数、几何、天文、医学等方面的知识，并颇有著述。 有学者指出，有才华的传教士被皇帝欣赏和重用，西方先进的科学技术也被推崇和应用。而在民间，民人与西方传教士能够互相交游，西学在社会中得以自由传播，亦指出分别由康乾敕辑的丛书——《古今图书集成》和《四库全书》亦收录了传入中国的西方科学技术。
康熙除了学习西方科技之外还会应用实践，其最突出的成就，就是在发现原来的地图绘制方法相对落后之后，用科学方法和西方仪器绘制全国地图。康熙亦会利用巡行和出兵之便，实地测量，吸取经验。在康熙四十六年（1707年）委任耶稣会士雷孝思、白晋、社德美及中国学者何国楝、明安图等人走遍各省，运用当时最先进的经纬图法、三角测量法、梯形投影技术等在全国大规模实地测量，并于康熙五十七年（1718年）绘制成《康熙皇舆全览图》。
其作被称为在当时世界地理学的最高成就，英国李约瑟亦称之为不但是亚洲当时所有的地图中最好的一幅，而且比当时的所有欧洲地图都要好、更精确。康熙帝常召耶稣会教士进讲西洋的科学，并任用之为历政的顾问，因以改革明代的历法而编纂《康熙历法》。 康熙还以巡视之便访求民间的有才之士，例如将在数学方面有很大成就的梅毂成调进宫中培养深造。梅毂成亦通过学习西方数学知识，使得中国古代数学重新受到重视。
康熙对于宗教基本上是宽容的，除了笼络藏传佛教，他也大致接受基督宗教传教士讲道，还褒封道教白云观方丈王常月，并依于门下。康熙对基督教也很有好感，后来康熙逐渐发现罗马教廷试图过多的干预中国文化传统和清朝政治，并且皇子信仰基督后以此作为争权夺利的工具，遂开始对天主教有所抵制，引发中国礼仪之争。
康熙在思想上为了控制臣民，兴文字狱，发生的文字狱案共有11起，比较著名的有《南山集》案。戴名世仅仅因为赞同方孝标给南明正名的观点，结果就被斩首，家人好友等也被牵连为奴。还有朱方旦案、亲政前鳌拜等顾命大臣制造的庄廷鑨明史案等。
康熙三十年（1691年）夏，康熙同喀尔喀与内蒙古的王公们会聚于多伦诺尔，史称“多伦会盟”。此次会盟标志着喀尔喀三部归顺清朝，康熙后来表示：“昔秦兴土石之工，修筑长城，我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固” ，又言：“蒙古部落，三皇不治，五帝不服，今已中外无别矣” ，可见康熙将漠北纳入中国版图，并使之成为北疆的坚实屏障。康熙三十五年（1696年），康熙又下令编修《理藩院则例》，以巩固对蒙古的统治。
康熙三十五年（1696年）九月，原属准噶尔的哈密统治者额贝都拉内附清朝，康熙五十五年（1716年）以后，清军陆续进驻巴里坤地区，康熙五十九年（1720年）吐鲁番的额敏和卓内附清朝，从此嘉峪关外上千里土地收入版图，成为清朝打击准部、进军西域的前哨。
在西藏问题上，康熙除了承继顺治帝尊敬并册封达赖喇嘛的政策外，还于康熙五十二年（1713年）册封罗桑益喜（五世班禅）为“班禅额尔德尼”，进一步笼络黄教。后来由于准噶尔汗国入侵西藏，他于康熙五十七年至康熙五十九年（1718年至1720年）间派兵入藏，驱逐准军。此后，清朝分兵驻藏，开始了对藏区的实际控制，并任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖、班禅分理前后藏事务。
清朝统一台湾后，康熙由郑氏那里了解到对日贸易的众多好处，于是清政府于康熙二十四年（1685年）正式废除了“迁海令”，颁布了“展海令”，允许人民出海经商。这一政策致使赴长崎的唐船骤增三、四倍以上，互市之盛堪称空前。甚至中国还做转手生意，把从欧洲进口的布匹出口转销日本。同年，日本政府颁布“贞享令”，规定每年去长崎贸易的总额：中国船贸易额不得超过白银六千贯，荷兰船不得超过三千贯。
贸易总额超过白银六千贯后，即禁止此后该年入港的其他中国船舶进行贸易，勒令运回货物。故来得较晚的中国商船常被禁止入港，不得不驶回中国，不过不少中国船就在日本沿海进行走私贸易。康熙二十七年（1688年）赴日唐船达117艘，而该返回中国而从事走私贸易的船达22艘。康熙三十七年（1698年）日本政府限定赴日贸易的唐船为80艘。直至康熙五十四年（1715年），为防止日本产铜原料之外流，幕府公布“正德新令”，限止每岁赴日唐船为30艘，此令一出，唐船抵长崎者锐减。
康熙年间，朝鲜放弃了北伐计划，康熙也对朝鲜实施德化政策，中朝两国宗藩关系得以平稳发展。三藩之乱时，朝鲜国王李棩（显宗）抵住国内舆论压力，并未起兵进攻清朝，而是继续进贡，从而获得了康熙的信任。康熙三十七年（1698年），朝鲜发生大饥荒，国王李焞（肃宗）请求清朝赈济，康熙帝慷慨允诺，派人运送5万石粮食以救助朝鲜，并御制《海运赈济朝鲜记》以纪念此事。
不过，康熙时的中朝关系也有波折。康熙二十四年（1685年），发生了朝鲜边民越界杀人事件，康熙帝对此严肃处理，迫使朝鲜方面处死相关责任人，并罚银20000两。为了防止类似事件再次发生，康熙五十一年（1712年）清朝与朝鲜勘界，划定了鸭绿江-图们江一线的中朝边界，并竖立了穆克登碑。
康熙九年（1670年），康熙帝遣达斡尔总管孟额德赴中国尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克），敦促沙俄军撤出中国领土雅克萨（在黑龙江省漠河县东、呼玛西北黑龙江北岸）。《尼布楚条约》签订后，中俄之间的经济文化往来不断深化。为此康熙帝在康熙三十三年（1694年）设俄罗斯馆，隶属理藩院，安置来京俄商及传教士、留学生，附设东正教堂。
为了适应中俄交流的需求，康熙帝还在康熙四十七年（1708年）设俄罗斯学，隶属内阁，招收八旗子弟，培养俄语翻译人才。康熙五十一年（1712年），康熙派图理琛等人前往俄国辖境抚绥土尔扈特部。作为交换，彼得大帝提出派遣以修士大司祭列扎依斯基为首的教士团回访北京，于康熙五十四年（1715年）来华。
康熙曾经委派传教士闵明我返回欧洲招募人才，希望增进中西方科技文化交流。 法国汉学家杜赫德指出，在清朝康熙年间，原本闭关锁国的中国逐渐向外界开放，并维持着国内、近邻贸易以及欧洲贸易。甚至说“全欧洲的贸易量都无法跟巨大的中国贸易量相比”。并且形容中国的各个省就相当于欧洲的王国，他们都拿各自的特产来进行贸易，而且有了联盟保护的趋势，这种趋势占据着所有的城市。
以致于大臣们都在商业领域有自己的股份，其中有许多官员都把自己的资金委托信誉好的商人代理，以图自己的资产能在贸易往来中稳健增值。并总结说除了那最贫苦的家庭，（中国人）都能通过各自的商业活动能轻松过上小康生活。同时记载了清朝市集的繁华程度和中外商家的贸易情况，称“中国商人都会在做买卖时表现的看上去很真诚。
特别是同外国人做生意时；他们总是尽可能的抬高商品价格，而且他们在行销自己的商品时通常没有任何顾虑。”《全球通史》里亦指出，康熙时期中国对外贸易急剧膨胀且发展快速，大量的茶叶、丝绸、棉布、瓷器和漆器经广州口岸运往欧洲销售。同时，康熙对欧洲国家表示警惕，他曾说：“海外如西洋等国，千百年后中国恐受其累，此朕逆料之言。”
康熙五十一年（1712年），康熙派大臣图理琛出使伏尔加河流域的土尔扈特汗国，沿途收集各国情报，回国后以《异域录》一书呈报，书中甚至清楚记录了大北方战争和查理十二的事迹。
康熙为了打击郑氏台湾，初年实行了迁界禁海政策，规定沿海30里的居民内迁，片板不准下水。先是在福建沿海实行，后又推广到广东和浙江沿海。清政府划定一个濒海范围（从最初的濒海三十里左右，到后来的四十里、五十里、乃至到二三百里不等），设立界碑，乃至修建界墙，强制处在这个范围内的沿海居民迁移，有敢不迁移的，杀无赦，有敢越界的，也杀无赦。
总之，让距离海边三十里到二三百里不等的整个中国东南沿海地区，成为一个无人区。此政策所造成的破坏和后遗症远远超过了一次大规模的战争。康熙七年（1668年），在郑氏已退居台湾的情况下，清廷开始弛禁，并以广东先行。 康熙二十三年（1684年）正式停止海禁。