朱熹在中国儒学史上地位极其重要，被称为孔子之后的又一位巨人。张立文在《朱熹评传》中评价道：“朱熹是继孔子之后的大儒之一，他的思想被尊称为‘朱子学’。他的学说不仅使儒学理学在宋以后成为官方意识形态并处独尊地位，而且影响朝鲜、日本和越南等国，曾一度成为这些国家的官方哲学或占主流地位的意识形态，并得到他们的推崇和信奉。朱子学超越国界而走向世界。”而高令印则在《朱子学研究丛书》序言中说：“朱子拨千年之乱而反正，把中国文化的主导权从佛道那里夺过来，使中国文化返本归位，重新树立起中国主体文化意识―儒家思想的正宗地位。”
朱熹撰《周易本义》十二卷，清康熙内府仿宋咸淳元年吴革本刻本
就理学而言，朱熹也被视为理学一派的集大成者，冯友兰在《中国哲学史》中说：“道学家中，集周邵张程之大成，作理学一派之完成者为朱子。”因为朱熹在理学史上有着如此重要的地位，故后世一律尊称其为“朱子”。而他在理学史上所做出的贡献，《宋史·道学传》中有着这样的叙述：“自周以来，任传道之责者，不过数人。而其能使斯道章章较著者，一二人而止耳。由孔而后，曾子、子思继其微，至孟子而始著。由孟子而后，周程张子继其绝，至熹而始著。”此传从周代讲起，认为真正能够传承儒学者，不过数人而已，而能使儒学发扬光大的人，也就一两位。其中涉及的人物则从孔子讲起，而后说曾子和子思是传承人，到了孟子才将儒学发扬光大，自孟子之后，儒学渐渐衰微，到宋代之后，出现了周敦颐、二程、张载等大儒，使得儒学之观念再次大显。而朱熹的出现，则成为了集各家之长的总结性人物。
朱熹撰《中庸章句或问》一卷，元延祐元年麻沙万卷堂刻本，牌记
朱熹撰《中庸章句或问》一卷，元延祐元年麻沙万卷堂刻本，内页
对于这个总结，冯友兰在《中国哲学史》中予以了如下的描述：“朱子之形上学，系以周濂溪之《太极图说》为骨干，而以康节所讲之数，横渠所说之气，及程氏弟兄所说形上形下及理气之分融合之。故朱子之学，可谓集其以前道学家之大成也。”
朱熹撰《易图》一卷，清康熙内府仿宋咸淳元年吴革本刻本
朱熹在很小的时候就表现出了对理学的偏好。朱熹在《朱子语类》卷一百四中自称：“某十数岁时，读《孟子》言‘圣人与我同类者’，喜不可言。”这么小小的年纪，就已经有了要与圣人比肩的心态。而他的父亲朱松则由于长子和次子早逝，把传承学问的希望都寄托在了他身上。
朱松本是理学大家罗从彦的弟子，但朱松并未在理学理论方面下太大的功夫，他把这个任务交给了儿子朱熹。绍兴十三年，朱熹14岁时，朱松病故，临终前把家中之事都托付会给了刘子羽，同时给儿子找了三位老师，分别是胡宪、刘勉之和刘子翚。三位老师虽然都信奉二程，但三人的道学重点有一定的差异，故而他们的教育使得早期的朱熹呈现出思想多重性，《朱子语类》卷一百四中称：“某旧时亦要无所不学，禅、道、文章、楚辞、诗、兵法，事事要学。”然而在那个阶段，朱熹对佛学最感兴趣。
朱熹撰《孟子集注大全》十四卷，明初内府刻本
绍兴十八年，朱熹赴临安赶考，随身所带之书竟然只是一部宗杲的《大慧语录》，此事记载于《佛祖历代通载》卷三十：“朱文公少年不乐读时文，因听一尊宿说禅，直指本心，遂悟昭昭灵灵一著。十八岁请举时从刘屏山，屏山意其必留心举业，暨搜其箧，只《大慧语录》一帙尔。”而他在参加科考时，就是用禅学的观念来讲解《周易》《论语》和《孟子》，结果他竟然考中了，多年后朱子回忆时都觉得不好意思，《朱子语类》卷一百四中称：“是时文字不似而今细密，随人粗说，试官为某说动，遂得举。”后人考证实际的情况是，当时的主考官周执羔、初考官沈该、副考官汤思退等人恰好都喜好佛老，看来人的运气来的时候什么都阻挡不住。
考上进士后，朱熹被任命为同安主簿，在这个阶段，他的思想大变，而变化的原因是他正式拜李侗为师。李侗是罗从彦的弟子，罗从彦是杨时的弟子，而杨时又是二程的弟子，正因为这一个顺序，朱熹被称为二程的四传弟子。朱熹拜李侗为师时，已经24岁，当时李侗61岁，而由于这四位都是福建人，故朱熹又跟李侗、杨时、罗从彦并称为“闽学四贤”。
朱熹撰《晦庵先生朱文公文集》一百卷，宋咸淳元年建宁府建安书院刻本
那个时候，朱子依然沉湎于禅学，他见到李侗时，竟然向老师请教禅学的问题。《朱子语类》一百四中称：“后赴同安任，时年二十四五矣。始见李先生，与他说。李先生只说（禅）不是。某却倒疑李先生理会此未得，再三质问。李先生为人简重，却不甚会说。只教看圣贤言语。某遂将那禅来权倚阁起。意中道禅亦自在。且将圣人书来读。读来读去，一日复一日，觉得圣贤言语，渐渐有味。回头看释氏之说，渐渐破绽、罅漏百出。”李侗听到了朱熹的问话，默不作声，而朱熹也很有意思，他竟然一而再、再而三地问下去，李侗依然不反驳，只让朱熹去读儒学著作。朱熹也只好按照老师的要求将这些书读来读去，某天他终于读出了味道，反过来再看他当年所读的佛书，觉得那些佛教观念漏洞百出。
朱熹撰《诗传大全》二十卷，明永乐十三年内府刻本
看来这位李侗的贡献“功不在禹下”，他竟然将一位如此迷恋佛学的人彻底转变过来。朱子也在多处提到这件事：“某少时未有知，亦曾学禅，只李先生极言其不是，后来考究，却是这边（指儒学）味长。才这边长得一寸，那边便缩了一寸，到今销铄无余矣。毕竟佛学无是处。”
钱穆认为，朱熹在李侗那里有三大收获：“所获于延平者有三大纲。一曰须于日用人生上融会，二曰须看古圣经义，又一曰理一分殊，所难不在理一处，乃在分殊处。朱子循此三番教言，自加寻究，而不自限于默坐澄心之一项工夫上，则诚可谓妙得师门之传矣。”（《朱子新学案》）李侗教给朱子学问要从生活中融会贯通，这是第一，第二条则让他学习古代的儒家经典，第三，则是理学的著名问题“理一分殊”。朱子就是遵循李侗的这些教导，而成为一代大师者。
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理一分殊乃是由程颐首先提出者，而程颐又是总结张载《西铭》中的观念，如此说来，李侗只是祖述前师，所以陈荣捷在《朱熹》一书中说：“谓经李侗而得于程颐，不为过也。”而陈先生的这句话之前则有“理一分殊为朱子哲学之基本概念”一句，此句道出了理一分殊到了朱熹这里，才成为一个完整的哲学概念。
在具体的教法上，李侗还让朱熹去读周敦颐的著作。虽然朱熹在见到李侗之前已经读到过这些书，但真正让他懂得这些书的价值，还是到了李侗门下以后。朱熹曾给李侗写信，探讨太极的问题，李侗的回答不能让朱熹完全解惑，于是在乾道三年，朱熹前往长沙，特意去访张栻。他跟张栻主要探讨《中庸》的已发未发问题，两人争吵了三天仍然没有结果，后来朱子在太极问题上下了很大的工夫，写出了《太极图说解》和《通书解》，而这两部书也引起了很大争论。
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针对这两部书，跟朱子争论最激烈者乃是陆九韶，他在淳熙十三年和十四年，分别给朱熹写了两封长信。此两信已不存，有些片段见于《周子全书》中，该书《附辨》中有陆九韶说过的这样的话：“今于上又加‘无极’二字，是头上安头，过为虚无好高之论也。”陆九韶的这句话，应当时针对“无极而太极”而发者，对此朱熹予以了回击：“不言无极，则太极同于一物，而不足为万化之根。不言太极，则无极沦于空寂，而不能为万化之根。”（《答陆子美第一书》）朱熹认为讲太极必须要说无极，如果没有太极，则无极就不能成为万化之根。
两人一番争吵，看来陆九韶处于下风，于是其弟弟陆九渊出马，替其兄继续跟朱子争辩，他们论辨的重点有三个：第一，太极图究竟是不是周敦颐所作；第二，无极的概念是否来自《老子》；第三，“极”字到底作何解。
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朱子对“极”字的理解是“极致”的意思，也可以将其解释为“终”“穷”“尽”“竟”，他在《朱子语类》中多次解释过“极”字的含义，比如“因其极至，故名太极”，“太极只是极至，更无去处了。至高至妙，至精至神，更没去处”。然而，陆九渊却把“极”字解释为“中”，他在给朱熹的第一封信中就说过这样的话：“《易·大传》曰，‘易有太极’，圣人有言，今乃言无，何也？作《大传》时不言无极。太极何尝同于一物而不足为万化之根耶？⋯⋯后书又谓‘无极是无形，太极是有理。周先生恐学者错认太极别为一物，故著‘无极’二字以明之。⋯⋯自有《大传》至今几年？未闻有错认太极为一物者。⋯⋯何足上烦老先生，特地于‘太极’上加‘无极’二字以晓之乎？且‘极’字亦不可以形字释之，盖‘极’者，‘中’也。言无极则是犹言无中也。是奚可哉？”
陆九渊引用《周易·系辞上》的名句：“易有太极，是生两仪。”既然古代圣贤说了，太极前有个“有”字，而这“无极而太极”就变成了“无”字，陆九渊反问朱子，这是为什么呢？更何况《易传》中只说太极，而没有提到无极，那也就等于说，太极也同样能够是万化之根。那既然如此，又何必在“太极”之上，加上“无极”二字？陆九渊又接着说，这“极”字本是“中”的意思，如果说“无极”，那就变成了“无中”，这样的话，“无中”作何解呢？
朱熹墓文保牌
显然，两人开始打文字官司，更多的是要找出对方的瑕漏，以此来攻击对方，因此陈荣捷在《朱熹》一书中称：“两人发挥太极无极思想甚少。大多以意气用事。此场辩论，无补于太极无极之理解也。”
关于太极图的来源，前文已经提及，在此仍需简述几句。宋史馆在纂修《国史》时，撰有《周敦颐传》，此文内当然要收《太极图说》，然而此文的第一句不是后世所见到的“无极而太极”，而是“自无极而为太极”，朱熹见到后，坚决不干，认为这歪曲了周敦颐的意思，经过一番争吵，对方仍不改正。
而后多年，朱熹对此也有专门的论述，他去世后，成为了宋代第一大儒，故后世所读到的《太极图说》，其首句则一律是“无极而太极”。
然而到了清代，这件事又起波澜，毛奇龄认为宋代《国史》中所载的“自无极而为太极”应该是周敦颐的原话，傅小凡先生在《朱子与闽学》一书中，也持这个观点：“笔者认为，究竟哪个版本是周敦颐的本文目前一时无从考证，但是宋代《国史》的记载，应该更准确。”而后傅先生解释了自己这个判断的缘由：“朱熹在争论中强调无极与太极的同一，反映出朱熹对周敦颐思想的发展。可以说，周敦颐的‘自无极而为太极’是宇宙本原论，而朱熹的‘无极而太极’则是比较纯粹的宇宙本体论。”
看来，傅先生认为朱熹是发展了周敦颐的思想，但这句话却并非周的本意，如此说来，“无极而太极”只是朱熹借周敦颐之口，而疏理了另外一种独特的宇宙观。为什么呢？傅小凡认为：“朱熹反对‘自无极而为太极’的说法，强调无极即太极，说明他意识到以无极为世界根源，无法解决‘无中生有’的逻辑困难，所以朱熹将‘太极’改造为宇宙的本体或者共性。”
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如前所引，冯友兰认为，朱子的形上之学“系以周濂溪之《太极图说》为骨干”，由此可见，《太极图》对朱子的思想形成起着极其重要的作用，而《太极图说》的首句―无极而太极也就成为了重点论辩的话题。关于何为“无极而太极”，朱子有着许多不同的说法，最为简洁者似乎应是《朱子语类》卷九十四中“无极而太极，只是说无形而有理”一句，显然这句话能让弟子们听懂，朱子的弟子们也在一遍遍地向他请教这个问题，而朱子在不同场合也做着不同的解释。
比如《朱子语类》卷九十四中称：“无极而太极，不是说有个物事，光辉辉地在那里。只是说当初皆无一物，只有此理而已。⋯⋯惟其理有许多，故物有许多。”从这句话可知，朱子认为天下还无一物时，道理已经存在，这应该就是以后所说的“理在气先”。比如朱熹在《答杨志仁》中称：“有此理后，方有此气。既有此气，然后此理有安顿处。大而天地，细而蝼蚁，其生皆是如此，⋯⋯要之理之一字，不可以有无论，未有天地之时，便已如此了也。”
看来朱子还是认为先有理，后有气，然而他又接着说，有了气之后，这个理才有附着的地方，朱熹也感觉到了“理在气先”是有条件的，追问到终极，这件事情变得也不成立。但对于理和气的定义，朱子又在《答黄道夫书》中称：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，开而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必禀此理，然后有性，必禀此气，然后有形。”他在这里用形而上和形而下分别解释了理和气，但他同时又强调，人物还有其个性在。
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至于两者的关系，朱熹用了这样一番话来解释：
太极理也，动静气也。气行则理亦行。二者常相依而未尝相离也。太极犹人，动静犹马。马所以载人，人所以乘马。马之一出一入，人亦与之一出一入，盖一动一静，而太极之妙，未尝不在焉。
在这里，朱熹把理解释成太极，把太极的动静解释为气，而二者之间的关系则用人和马来形容，理就如同人，气就如同马，而人骑着马，就是理与气的关系。对于这个解释，到了明初，曹端在《辨戾》一文中进行了全面的剖析，他认为朱熹没有说清楚这个人和马是活还是死，如果是死人和死马，这个理论就不能够成立，为此引起了学界的很大波澜。对于曹端的这个观念，陈荣捷在《朱熹》一书中说：“曹端忽视朱子理气浑然之旨，而徒以比喻为病，非精微之论也。”
那朱熹怎样解释“理在气先”这个概念呢，《朱子语类》卷九十五中有这样一段话：
未有这事，先有这理。如未有君臣，已先有君臣之理。未有父子，已先有父子之理。不成元无此理，直待有君臣父子，却旋将道理入在里面。
这段话仍然在强调先有理而后有气，但弟子们不干，仍然在不停地追问他，因为在天地之前，万物皆无时，怎么来解决理气的问题。《语类》卷一记录了这个问答：“问：先有理抑先有气？曰：理未尝离乎气。然理形而上者，气形而下者。自形而上下言，岂无先后？”在这里的解释，朱熹的回答似乎变得没有那么坚决，他认为理离不开气。而卷一中还录有另一位弟子的问话：“或问必有是理，然后有是气，如何？曰：此本无先后之可言。然必欲推其所从来，则须说先有是理。”
登阶朝圣
弟子问朱熹，是不是一定先有理后有气，朱熹在这里又说，理和气没有先后可言，如果一定要强调的话，那只能说是先有理。对于朱熹的这个解释，冯友兰称：“至于理与普通的气为有之先后，则须自两方面言之；盖依事实言，则有理即有气，所谓‘动静无端，阴阳无始’；若就逻辑言，则‘须说先有是理’。盖理为超时空而不变者，气则为在时空而变化者。就此点言，必‘须说先有是理’。”看来，理和气的先后，究竟如何评价，要首先界定一个前提。
要想解释理与气在天地生成之初是否能够成立，就首先要解释天地是怎么形成的。而朱子的那个时代，他当然只能根据自己所了解的天文学知识予以解读，他的解读也很有情趣，《语类》卷一称：
天地初间只是阴阳之气。这一个气运行，磨来磨去，磨得急了，便拶许多渣滓；里面无处出，便结成个地在中央。气之清者便为天，为日月，为星辰，只在外，常周环运转。地便只在中央不动，不是在下。
朱熹的这段解释太口语化了，这就是朱子所认为的宇宙生成论，他这里面谈到了气有清浊之分。傅小凡认为，虽然这种观念出自《淮南子》，但朱熹却对此有所发展，他不再说“清气上升，浊气下沉”，而是说，清气在天上环绕于地，浊气则处在地的中央不再动。然而这个观念是朱熹早年的说法，到其晚年他又对自己的这个观念进行了修订，这是他在作《楚辞集注》时的新想法：
天之形圆如弹丸，朝夜运转，其南北两端后高前下，乃其枢轴不动之处。其运转者亦无形质，但如劲风之旋。当昼则自左旋而向右，向夕则自前降而归后，当夜则自右转面复左，将旦则自后升而趋前，旋转无穷，升降不息，是为天体，而实非有体也。地则气之渣滓，聚成形质者，便以其束于劲风旋转之中，故得以兀然浮空，甚久而不坠耳。
不容错身
这时的朱子认为天像一个圆球，日夜在旋转，然而天却是无形的，地则不同，地是气里的渣滓，所以它处在天的中央，因为有气的旋转，所以地保持着不动。而天地形成之初，这个世界究竟是什么样子，《语类》卷一中朱子与弟子的对话也充满了独特的想象：
天地始初，混沌未分时，想只有水火二者。水之滓脚便成地，今登高而望，群山皆为波浪之状，便是水泛如此。只不知因什么时凝了，初间极软，后来方凝得硬。问：想得如潮水涌起沙相似。曰：然。水之极浊，便成地；火之极清，便成风霆雷电日星之属。
当然，朱子在理学方面还有着太多太多的伟大贡献，这篇小文章无法涵盖他那么多的独特思想，有兴趣的朋友只能去读关于他的专著了。这里用张立文在《朱熹评传》中的一句话来说明，朱子是何等伟大：“中国哲学史上朱熹具有‘致广大，尽精微，综罗百代’的学术思想，他无疑是整个人类思想发展史上伟大的思想家、哲学家，是继孔子之后儒学发展史上又一里程碑式的人物。”
然而无论于后世而言朱子是何等的伟大，他生前的日子却过得很苦，因为收入有限，又加上弟子众多，虽然弟子们有交学费，但那些弟子们又大多在他家吃住，估计所收的学费远远不够这些开销，因此朱子曾经想靠出版来赚些生活费用。然而他身边的朋友们可能觉得他太伟大，不应当去做这么低下的工作，对此表示出不理解，于是朱子还专门写信向朋友们解释，他为什么要搞印刷，等等。
朱熹撰《程朱二先生周易下经传义》存卷八，元延祐元年翠岩精舍刻本
朱熹的名声越来越大，按照中国固有传统的弊端，木秀于林，风必摧之，因此他在晚年受到了很多的诬告和打击。庆历元年，韩侂胄为了打击赵汝愚，想办法将赵贬出朝廷，朱熹有意上书替赵辩解，然而弟子们算了一卦，感觉到不对头，于是朱熹烧掉了奏稿，嗣后不久他就提出辞职，如此才免于一场灾祸。庆历二年，叶翥等人上疏，称朱熹所传的道学是伪学，刘德秀则直接说朱熹是“伪学之魁，以匹夫窃人主之柄，鼓动天下，故文风未能丕变。请将《语录》之类尽行除毁。”据《续资治通鉴长编》卷一五四记载：“故是科取士，稍涉义理者，悉皆黜落。《六经》《语》《孟》《中庸》《大学》之书为世大禁。”
而后反道学的浪潮愈演愈烈，监察御史胡纮在奏章中详细列出了朱熹的十大罪状，沈继祖甚至提出要将朱熹斩首，在这种危急时刻，朱熹仍旧坦然，《宋史》本传中称：“日与诸生讲学不休，或劝以谢遣生徒者，笑而不答。”庆历六年，朱熹病逝，而后有人提出奏议，禁止弟子们送葬，即此可知，朝中的有关势力对朱子一派的打击是何等的不遗余力。
然而，在朱子去世后的第九年，皇帝对他的态度有了一个大转变，他被赐谥为“文”，因此朱熹被后世尊称为“朱文公”。又过了18年，到了宝庆三年，理宗下诏：“朕每观朱熹《论语》《中庸》《大学》《孟子》注解，发挥圣贤之蕴，羽翼斯文，有补治道。朕方励志讲学，缅怀典刑，深用叹慕！可特赠太师，追封信国公。”他被封为了信国公，而后又改封为徽国公，皇帝还召见了朱熹的儿子进行安慰。
到了淳祐元年，理宗又下了一道诏书：“朕惟孔子之道，自孟轲后不得其传，至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见力践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹，精思明辨，表里浑融，使《中庸》《大学》《论》《孟》之书，本末洞彻。孔子之道，益以大明于世。朕每观五臣论著，启沃良多。其令学宫列诸从祀，以示崇奖之意。”
朱熹撰《楚辞集注》八卷，明刻本
此诏书第一次确定了朱熹在中国儒学史上的地位，由皇帝确认朱熹成为了孔孟正统的传人，自此之后，朱子从祠孔庙。而到了咸淳五年，皇帝下诏将朱熹的故里婺源赐“阙里”之名，而阙里是孔子的故乡，这就等于说，皇帝已经把朱子抬高到了跟孔子同样的高度。
到了元延祐年间，皇帝下令，重新恢复科举考试，并且规定以朱熹所撰的《四书集注》为标准教科书，从此直到清末，朱子的这部著作一直是科考的出题范围。朱元璋建立了明朝，在当上皇帝的第二年就下令开始科考，并颁布了12项条款，其中的第一条就是讲到要以四书、五经为标准读本。
进入了清代，康熙皇帝玄烨命令大学士李光地等人编纂《朱子全书》，玄烨亲自为该书作序，他在序言中高度地赞扬了朱子在中国学术史上的地位：“至于朱夫子集大成，而绪千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规，穷理以致其知，反躬以践其实，释《大学》则有次第，由致知而平天下，自明德而止于至善，无不开发后人，而教来者也。”