“存天理，灭人欲”是朱熹理学思想的重要观点之一，但这句名言并非由朱熹发明。事实上,这一概念在《礼记·乐记》中已经出现,其中说道:“人化物也者,灭天理而穷人欲者也。于是有悖逆诈伪之心,有淫泆作乱之事。”这里所谓“灭天理而穷人欲者”就是指泯灭天理而为所欲为者。
到了二程这里，又说:“人心私欲,故危殆。道心天理,故精微。灭私欲则天理明矣。”这里所谓“灭私欲则天理明”,就是要“存天理、灭人欲”。
简单的说，朱熹主张的是明理见性，人为自己的私欲所蒙蔽，所以看不到自己的真实面貌，所以不能体悟到天地之理，要想体验到、找到万事万物的共同之理，就要除去人的私欲。此后"存天理，灭人欲”就成为朱熹理学思想的重要观点之一。
久而久之，这句话常常被人断章取义误读为是禁锢自由、扼杀人性之说。在评判宋明理学时，更是脱离本意，误会颇深。事实上，这个观点真正句意在强调”反对贪欲，严格要求自己以求更高的道德修养“。
之所以会存在这种误解，是因为对“天理”和“欲”这个词的解读不够。所谓“欲”，指的满足基础本能之上的一种贪欲，人欲。而天理则是自然需求。朱熹也在《朱子语类》饮食篇里解释的很清楚，白话文简单的举例说明就是，你吃鸡鸭鱼肉是天理，吃山珍海味野生熊豹是人欲；你有个车代步是天理，非要开跑车坐豪华游轮则是人欲；你娶老婆是天理，三心二意找情人包情妇就是人欲。朱熹的原意是要告诫人们应该节制自己的欲望，节俭一点，克制一点，反对无休止的没有底的不加以节制的贪欲。这是非常进步的思想，甚至于在21世纪的现在也是非常正义实用的。之所以被误读是人们在批程朱时的恶意引之与错误理解，以及批评过度。