总旗、千户、百户皆为明朝锦衣卫制度中的重要官职，它们都是锦衣卫执法时的下层机构，想要了解总旗、千户和百户，就需要先清楚明朝的锦衣卫制度。
锦衣卫是明朝皇帝直属下的一个特务组织，它并非是专属官职，而是皇帝的秘密组织。锦衣卫组织主要负责对百官的监察和保护，其以搜集情报为主，执法行杀为辅，其由皇帝秘密统辖，根本不需要经过六部都察院的认可。锦衣卫最高执法官为锦衣卫都指挥使，依照明朝官爵的品级，都指挥使官居正三品。
都指挥使之下，分别是指挥同知、指挥佥事和镇抚使，指挥同知对都指挥使负责，指挥佥事对指挥同知负责，镇抚使对指挥佥事负责，一般来说，这三大职务都是以两人为次，遇到紧急情况，都指挥使才会增加名额。指挥同知依照品阶为从三品，指挥佥事为正四品，镇抚使为从四品。
镇抚使之下，就是我们所要提到的千户、百总、总旗、小旗了，千户、百户之下设副千户、副百户，总旗之下为小旗，也就是说，总旗是锦衣卫制度下最低的一层官吏。千户对照镇抚使，为正五品官阶，副千总为从五品，百户为正六品官阶，副百户为从六品官阶，总旗为正七品，小旗则为从七品。镇抚使之下，千户、百户、总旗、小旗都没有人数上的规定。
不管是都指挥使，还是千户、镇抚使、总旗，它们都是皇帝直属的秘密官员，因为该组织的特殊性，所以一般它也被视为是大明王朝的特务组织。
明朝时，锦衣卫明察暗访，无所不在，其遍布全国各地，甚至朝廷上的某些官员也具有锦衣卫成员的身份。锦衣卫是明太祖朱元璋设立的，太祖设置此组织的目的，就是为了了解官员和百姓之间的言行举止。
千户、副千户、百总、副百总皆为锦衣卫制度下的下层官吏，千总、副千总的月俸为十六石或十五石，百总为九石或十石，他们虽然都属于正六品之上的官员，但是在实际处理事务时，身份地位却要明显低于寻常的六品官员。锦衣卫毕竟不同于明朝的其它官吏，故而，其所谓品阶上的差别也是虚拟的。
锦衣卫组织中，镇抚使以上算是高级官吏了，而副百总至千总则为中级官吏，至于总旗、小旗，就是锦衣卫组织的基层了。进入了副百总，锦衣卫成员才算真正进入了决策层，不过，基层组织成员很多，想要升职，更是难上加难。
依照明太祖朱元璋和明成祖朱棣的规定，锦衣卫统辖人数为五千人，其中，一个千总负责一千人，一个百总负责一百人，这当然是明朝初期的规定。事实上，明朝后期锦衣卫组织都没有按照这个规定执行，明朝中后期，锦衣卫组织不断膨胀，其成员一度达到了六万人多人。既有这样庞大的组织，所谓千总、副千总、百总、副百总也就缺乏了实际的效果。随着锦衣卫组织的扩大，明朝中后期千总、百总、总旗、小旗所管理的人数，也就更为混乱了。
锦衣卫组织一开始只是对皇帝负责，不过，随着明朝中后期宦官权利的增强，锦衣卫也就实际成为了阉党利用的工具。明朝权宦魏忠贤掌权的时候，锦衣卫成员多听命于他，魏忠贤依靠锦衣卫成员，不断打击和威胁政敌，一度使得强盛的明朝走向了衰落。明后期，锦衣卫实际已经失去了它的效益，完全沦为了权宦乱政的工具。