余有丁是明嘉靖四十一年的探花，万历初年，他曾任南京国子监祭酒，他将南监所藏的《二十一史》书版进行了修订，而后重新刷印，这就是后世所说的正史南监本。
关于余有丁组织修版刷印的南监本的质量，应三玉所著《史记三家注研究》专门研究了其中的《史记》：“明万历二年至三年，南监又重刊《史记》，由南京国子监祭酒余有丁主持刊校，故世又称此本为余有丁本。此本幅式行款一如嘉靖张邦奇本，只是将嘉靖本卷首的《史记正义序》改置于《史记集解序》后。此本据嘉靖本刊刻，但大量删削了嘉靖本所载三家注文，三家注所余不及一半。又淆乱嘉靖本体例，增入宋、元、明代学者评论《史记》之语及余氏的按语，混于三家注之下，几令读者误认诸文为三家注原文。因此说，删削三家注文不是始自张邦奇，而是在张邦奇刊本后三十八年的余有丁本。”
按照应三玉的所言，余有丁校勘的南监本《史记》乃是翻刻明嘉靖张邦奇所刻该书，但余有丁并不是照翻张邦奇本，他对一些注文进行了合并与删改。余有丁为什么会这样做呢？他在该书的序言中作了如下的解释：
国学故藏史记，久乃漫漶不可读。余病之，将付梓人。而尤病昔人所为传注言人人殊，不无瑕类，且多复语芜辞。若邑里沿革，氏爵异同，音释当否，颛门分路，各自名家。或乃离析本文，隔其篇什，至使局界莫弁，句韵靡通。因与周先生各取一编，手自排缵，删繁剔冗，互正睽违。旧所阙遗，则更详释。间刺经传及众家往牒中语，即当代学士大夫所评骘者，皆掇拾之，而稍以猥见续厕其末。若班马相诡，并褚大窜入，后人谬增，悉为条正，不至差爽。极知谫薄，无根核之深，不能有所发明，董欲学者传训故而已。校成，部实施者刘君捐所部赎锾若干，为梓直。刘君名维，通览记书，尤嗜竹素，而诸学官参对者，得具列左方云。四明余有丁志。
看来余有丁删削这些注文有他的想法，因为他觉得有些注文间在同一个问题的解释上相互抵牾，还有的解释相互间重复，所以他认为应当对这些注语不能简单地翻刻，而要对其作一番分析，以此来决定去留。余有丁的这种作法足以说明，他对翻刻古书颇为认真，并不是随便拿来前套的本子无论对错照翻无误。
余有丁校正《梁书》五十六卷 明万历三年南京国子监刻本
但是，这样的刊刻形式也会让后世研究者无法看到前人注文的原貌，虽然删并之后利于使用者的阅读，但却对专家学者的研究构成了障碍，如果得不到前朝本，仅看余有丁的删削之后的本子，那就无法分辨出这些注语究竟是原文还是经过余有丁删改过。为此，后世学者对他的这个作法，站在研究角度提出了批评。应三玉在文中表达了这种观点：
余有丁所确定的原则是，凡遇三家注各注对人名、地名、音释等有几种解释，均统一为一种解释，删去他说；对“离析本文，隔其篇什”的注文，或删或并。但在实施过程中，并不是完全依此原则行事，而是恣意删削。首先删去了裴骃《集解序》的《索隐》《正义》注文，进而对正文的三家注，或删或并，或改或增，嘉靖本原貌几不可见。如嘉靖本《秦本纪》所载三家注文有四百二条，此本删去一百八十五条，尤以《正义》注文删削为甚，少于嘉靖本一百三条。此本不仅删削三家注文，增添宋元明人题评，且校勘草率，讹误甚多，前人已有品评，此不赘述。
从公平角度来论，其实余有丁系统地校改《二十一史》，其目的乃是为了便于后世的使用，他刊刻该书并非是为了让专家搞研究，所以以这种思路来理解他刊书的目的，其实他的作法并不为错。更何况，余有丁所处的时代，还没有清初所兴起的朴学，即使到乾嘉时代，虽然顾千里强调不校之校，但他依然为此事跟段玉裁闹翻了。由此也可以说明，即使在乾嘉学术鼎盛时期，也有人的观点跟余有丁一样。
余有丁序言《文子》二卷附校勘记一卷 刘履芬同治八年抄本并尾题
如前所言，余有丁在南京任职期间不是仅刻了一部《史记》，瞿冕良编著的《中国古籍版刻辞典》中在“余有丁”一条还写道：“与周子义校刻过《史记集解索隐正义》130卷，《梁书》56卷，《新五代史》74卷。”看来，南监本的《史记》乃是余有丁跟周子义共同校勘者。余外，瞿冕良又列出了其他的两部正史，从这些记载可知，余有丁对典籍的校勘下了不小的功夫。而他对刊刻典籍的偏爱，除了工作性质之外，也有其个人原因，因为他本人也喜欢藏书，并且建有藏书楼。关于这些情况，要从他的个人经历讲起。
余有丁也是世家出身，他从小就显现出与人不同之处，陈联飞在《余有丁与相国祠》一文中说道：“余有丁，字丙仲，鄞西岐山余氏十九世孙，明嘉靖六年（1527）生。自幼聪颖，生而秀异，从父习读，善记博闻，日诵数干言，文名遍乡里。其父永麟嘉靖戊子（1528）举人，授昆山县学教谕，后擢苏州通判，然未赴任苏州而卒。于是家道中落，无力深造。正怅然间有广陵（扬州）之郝翁慕公名延为塾师，课书之余，研读经史，三年后郝翁感公师德，襄资入太学。”
明嘉靖四十年，余有丁在顺天府乡试中中举，转年他就联捷成为了一甲三名进士。而本年的状元则为吴县的申时行，榜眼则是太仓人王锡爵。他们三人的座师是袁炜，但这个袁炜却只是拼命地使用他们三人，从态度上对他们并不好。王鸿鹏等编著的《中国历代探花》中讲到了这件事：“此科座主袁炜，靠写青词入相，所取一甲申时行、王锡爵、余有丁皆在翰林供职，每有应酬文字或皇上所派撰事玄诸醮章，以至翰林馆中重要文章，都要叫这三位门生到他的私宅，代他属草，稍有不如意，先是厉声呵叱，继而恶语相向。余有丁本与袁炜同郡，一次袁炜竟大骂道：你怎么得名‘有丁’，当呼为‘余白丁’。其傲慢无礼到了如此之地步。有时入直西苑，为皇上准备笔札，袁炜竟将房门反锁而去，屋内连饭食酒菜也不备，三个人从早至晚都饿着肚子，每每以菜色而归。”
上文中谈到的“醮章”惯常被称之为青词，其实青词是道教中专用之物，其所写之词是用来上奏天庭或者征召神将的符箓，青词乃是用朱笔书写在青藤纸上，故而有了青词之名。青词大多写为骈体文，当然这样的文字虽然要下功夫撰写，但并无实际意义，然而嘉靖皇帝崇尚道教，所以能写青词的大臣最受青睐。袁炜让他的三位门生努力撰写青词，而后署上自己的名上奏给皇帝，而这种作法在那个时代也并不稀见。
虽然三人如此受气，但经过一个时段的磨砺，他们还是渐渐地出人头地。万历十年六月，张居正生了重病，他在去世前的一个月对朝臣进行了一系列地安排，其中他举荐余有丁任礼部尚书兼文渊阁大学士，到了九月又晋升为太子太保，由此余有丁成为了朝中重臣。而此时，首辅张四维回老家守孝，故而申时行替代张四维任首辅。而此刻王锡爵也在内阁，同科的状元、榜眼、探花同时在内阁任职，这在明史上是唯一的一次，并且三人关系处得很好，这也是不多见的局面。而余有丁在处理朝中关系时，也有自己的技巧在。
万历初年，神宗皇帝年幼，而张居正在隆庆年间已成为了首辅，故进入万历年间国家的运行实际全部由张居正来安排，他的一系列改革措施使得万历朝出现了中兴气象。比如他丈量土地，在全国范围内推行一条鞭法，他裁汰冗员节约行政开支，同时支持戚继光练兵加强边防。但这一系列行为都得罪了不少人，更何况他的所为让年幼的万历皇帝是个傀儡。故张居正去世后，有人借机弹劾张居正，而皇帝立即下令对张居正抄家。即使这样，还有人想借机整当年张居正提拔之人。
高启愚当年跟张居正关系不错，他在主试南京时出的题目是“舜亦以命禹”。等到张居正去世后的两年，御史丁此吕向皇帝上奏说，高启愚以此出题乃是借舜让位给大禹的典故，其用意就是要让万历皇帝禅让给张居正。这种说法在朝政中引起轩然大波，事情搞得越来越大，多位大臣都为此提出辞职。余有丁觉得事情要再这么闹下去恐怕会牵连到更多的无辜之人，于是他独自给皇帝秘上奏章，余有丁认为如果这么多大臣都辞职，显然不是太平盛世应当出现的局面，所以劝皇帝能够下诏慰留以此来安定人心。皇帝认为余有丁所言有道理，故按其所言挽留辞职的大臣，终于使得这场大风波得以平息。由此也可以看出，余有丁乃是实大体顾大局之人。
文保牌背面的说明
余有丁在文坛的贡献还在于他赏识归有光，归有光是那个时代名声在外的散文大家，但他在嘉靖十九年考中举人后，连续八次都未能考中进士，直到嘉靖四十四年，他才如愿以偿，而此时已经是六十多岁的年纪。本次的主考官就是余有丁，在此前余有丁已经听说过归有光之名，而当他读到这份考卷时，他从文风上判断此文应当是出自归有光之手，于是立主将此卷批为第一。
对于余有丁的慧眼识人，屠粹忠在《重修余文敏公祠堂记》中专门提到了这件事：“天下于是莫不为熙甫（归有光）庆，而且为文敏公之能知言庆也。自是厥后学者皆豁然开悟，如蚩尤大雾中能睹轩辕之车，莫不有所准的，则祀典之所未详也。太傅雅量宏襟，足以荫一世；奖拔后进，如恐不及，《秦誓》之称休休有容，庶几近之。惜乎相未三载而遽殁也。不然，其推贤进士之风，吐哺作人之泽，盖有不可胜道者哉。”
余有丁既然是探花，这足以说明他学习的本领很不错，更何况他也有文史之好，能够主持刊刻书籍。而其本人也有一些作品，他的作品在其去世后被编为《余文敏公集》，其门人沈一贯在该集的序言中对余有丁给予了很高的夸赞：“公，天人哉！其气豪，其志远，其度弘以达。其所窥书博而雅，其所取友，自馆阁诸老以逮海内名流，虽后来一秀彦，苟有异者，皆折节。其迹多在山水间，所居处虽宦邸，必饬艺花灌木，酌酒寄谈，若舍是，无可以栩栩生者。”
沈一贯称余有丁读书十分广博，这也间接地说明了余有丁广泛搜集书籍博览群书之事。对于余有丁的文采，沈一贯在序言中不啬夸赞之辞：“故其文足言足志，雄深雅富，沛然若决河汉，浑浑不舍，有裂山摧海之力，而绝单寒逢匿之态。据根柢，芟支叶，瑰如也。诗以逸韵伟言为致，情所会处，含玄蕴微，唱叹有余音，虽蹋跆自成，而天琛夜光，往往在焉。”