西游记作为我国最为知名的书籍，可以说几乎家喻户晓，尤其是孙悟空的故事，令很多孩童都知晓。加之88版西游记的热播，导致西游记成为中外知名度最高的小说之一，但是西游记中有一些谜团其实也曾牵引很多人前去探索，这些谜团的解开或许更有助于西游记从故事走向研究的道路。
作者何人——吴承恩不是西游记作者？
西游记作者是谁，估计一万个人都会说是吴承恩，可是事实上却并不一定，由于现存明刊百回本《西游记》均无作者署名，最早的版本为金陵世德堂本（明万历二十年），署“华阳洞天主人校”，首有陈元之序，这便给《西游记》作者是谁留下空间。
清初道士汪象旭刻《西游证道书》时，也把《西游记》归于丘处机（丘处机写过《长春真人西游记》一书所作。随后，清代很多学者都持此说，如陈士斌《西游真诠》、张书绅《新说西游记》、刘一明的《西游原旨》、张含章的《通易西游正旨》等，《西游记》作者是丘处机遂成为清时的主流说法。
不过，此说在清代便有人提出怀疑。根据天启年间《淮安府志》，和鲁迅在《中国小说史略》《中国小说的历史的变迁》中肯定了“吴承恩说”，“实则作这《西游记》者，乃是江苏山阳人吴承恩。”胡适在《西游记考证》中也持此观点。经过两位大师的肯定，“吴承恩说”在20世纪基本成为定论。
其实，在20世纪，时不时也有人对“吴承恩说”发出质疑，提出新说。代表性的有俞平伯的《驳〈跋销释真空宝卷〉》、（日）太田辰夫的《西游记杂考》、章培恒的《百回本〈西游记〉是否吴承恩所作》。，对《西游记》作者的考证引起诸多人的兴趣，提出的观点不下六种：李春芳说、陈元之说、全真道士说、鲁王朱观火定说、周王朱睦木挚说、樊山王府诸人说等。这些说法，多属推测，均拿不出令人信服的证据。
“吴承恩说”也存在着如《淮安府志》中提到的“《西游记》不一定是现流传的这部小说《西游记》，或许是另部书，因为清初人黄虞稷《千顷堂书目》将其列入舆地类，而此书很可能不是小说”等等疑点。也就是说吴承恩或许写了《西游记》但是这本书和徐霞客游记一样是一本地理志，因此吴承恩究竟是不是我们看到的《西游记》的作者，并不一定。
几处败笔——西游记几个没讲完的故事：
七大圣：指的是《西游记》里的七大魔王，由牛魔王、蛟魔王、鹏魔王、狮驼王、猕猴王、禺狨王、美猴王组成。孙悟空在花果山遍访英豪之时，结识了牛魔王等六大魔王，七人结拜为兄弟。后孙悟空大闹天宫，自称齐天大圣，其他六大魔王也都各称大圣。但是这个故事除了牛魔王后来出现，基本上其余几位都消失了，至于哪去了，没有交代。
混世四猴：《西游记》第五十八回“二心搅乱大乾坤，一体难修真寂灭”中提到的，因当时三界众仙神难辨真假孙悟空，我佛如来方才宣说：“周天之内有五仙，乃天地神人鬼；有五虫，乃蠃鳞毛羽昆。这厮非天非地非神非人非鬼，亦非蠃非鳞非毛非羽非昆。又有四猴混世，不入十类之种。”混世四猴个个神通广大，各有各的本领，让人钦佩不已。孙悟空（灵明石猴）乃神通广大，无不所知，拥有师父最多，武技最超群，乃奇猴也。当然，其余三猴（赤尻马猴、通臂猿猴、六耳猕猴）也武技超群，让人赞叹不已。混世四猴中只有六耳猕猴后来出现，这也可以说是作者没填好的一个漏洞。
乌巢禅师：《西游记》情节见原著第十九回“云栈洞悟空收八戒，浮屠山玄奘受心经”；具体地点在高老庄和黄风岭之间，曾向唐僧授予心经。这一回共有近六千七百字，“悟空收八戒” 这一主要故事情节就用了五千一百多字，而“玄奘受心经” 只是在结尾部分交代了不到一千六百字，字数很少，而且似乎与后面的情节并没有太大的联系，所以在读的时候很容易就把它给忽略了，这禅师的“乌巢”竟能飞腾，而且他的神通极大，那猴子“举铁棒望上乱捣，只见莲花生万朵，祥雾护千层。行者纵有搅海翻江力，莫想挽着乌巢一缕藤”。可见孙悟空根本打不过乌巢禅师，乌巢禅师真实身份是谁，这也没有得到解释。
唯一出现两次的妖怪：在《西游记》中，青狮可谓是一大疑点，因为他是《西游记》中唯一出现过两次的妖怪，一次是在乌鸡国冒充国王；而另一次则是在狮驼岭做了山大王，两者形象截然不同。在乌鸡国只是化作了一个懦弱胆小的国王；而在狮驼岭则是一个口吞千万人的威风凛凛的妖王，这不仅引起后人深思，但是根据乌鸡国这一章的内容来看，是因为乌鸡国国王不敬佛祖，故而为了让他受到惩罚，而让狮子怪受命前来当国王，搅乱乌鸡国的，青狮在乌鸡国多年，国泰民安，并未犯错，可见是佛家的授意。
反道也反佛？——西游记的反佛思想
西游记给人的第一感觉是反道尊佛，实际上却不然，西游记全书反佛不亚于反道，只是反道是明确表现得，反佛确是一条暗线。
如来佛的权力观：
出自《西游记》大闹天宫后：
玉帝传旨，即着雷部众神，分头请三清、四御、五老、六司、七元、八极、九曜、十都，千真万圣，来此赴会，同谢佛恩。又命四大天师、九天仙女，大开玉京金阙、太玄宝宫、洞阳玉馆，请如来高座七宝灵台，调设各班坐位，安排龙肝凤髓，玉液蟠桃。
不一时，那玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊、各仙老对对旌旗，双双幡盖，都捧着明珠异宝，寿果奇花，向佛前拜献曰：“感如来无量法力，收伏妖猴。蒙大天尊设宴呼唤，我等皆来陈谢。请如来将此会立一名，如何？”如来领众神之托曰：“今欲立名，可作个安天大会。”各仙老异口同声，俱道：“好个‘安天大会’！好个‘安天大会’！
如来起个名是：安天大会 ！安定天庭！而道教的各仙老说了两遍的：“好个‘安天大会’！好个‘安天大会’！如来在五行山上贴了一张帖子，上有六个金字：唵嘛呢叭咪吽意思是：归依莲华上之摩尼珠。也就是说：孙悟空是我佛门中人。
可见与孙悟空的齐天大圣一样，如来佛搞安天大会，不过也是想与天庭平起并坐的意思。
阿难迦叶形象问题：
唐僧师徒到达西天后，阿难迦叶要向其讨要人事，而且如来也同意了。而且在招待唐僧师徒时，阿难迦叶要把桌上的食物大把大把放到他们的口袋里归自己所有，《西游记》写唐僧先从观音菩萨得佛祖所赐三宝，即锦袈裟一领，九环锡杖一根，金、禁、紧三箍并咒语三篇；后又从唐太宗受通关文牒一通，紫金钵盂一个，供“途中化斋而用”。这些都是唐僧取经上路必需的宝贝，第56回甚至说“通关文牒、锦袈裟、紫金钵盂，俱是佛门至宝”。最后金、禁、紧三箍依次各派了用场，锦袈裟、九环锡杖在唐僧成佛后仍服用如故，通关文牒在唐僧取经回东后仍缴纳于唐王。唯是紫金钵盂被作为取经的“人事”，送给了阿傩、迦叶，等于被佛祖没收了。
从《西游记》写佛祖造经说起。按书中所写，佛祖造真经三藏，分“白本”、“有字”两种。“白本”即“无字真经”，因是“空本”之故，可以“空取”即不须“人事”。唐僧等第一次所取，即是此种本子。虽然唐僧等以为“似这般无字的空本，取去何用”，并指“阿傩、迦叶等索财不遂，通同作弊，故意将无字的白纸本儿教我们拿去”，但那是他们尚未“九九归真”时残存的“迷人”之见，或其高明终不如佛祖处。而佛祖说“白本者，乃无字真经，倒也是好的”云云，似轻描淡写，其实最堪玩味，是此书“悟空”的正义。然而，佛祖同时说“他两个（按指阿傩、迦叶）问你要人事之情，我已知矣。但只是经不可轻传，亦不可以空取”，并举了为赵长者家念经一遍“只讨得他三斗三升米粒黄金回来，我还说他们忒卖贱了”之例，明告唐僧等非送“人事”不可以传经，并且后来也确实是唐僧送了紫金钵盂后才准其“换经”。
孙悟空是谁？——千古未解之谜
西游记还有一个问题一直困扰众人：那就是孙悟空到底原型是谁？历史上对此说法不一
悟空说：释悟空的俗家姓名叫车奉朝，公元751年随张光韬出使西域，因病在犍陀罗国出家，公元789年回到京师。释悟空较玄奘晚了40多年，但是他的出境地点也始自西安，回来时在西域从事翻译和传教活动多年，留下了许多事迹和传说。有学者认为，在“取经”故事漫长的流变过程中，人们逐渐将释悟空的名字与传说中陪同唐僧取经的“猴行者”的名字联系并捏合在一起，逐渐形成了“孙悟空”的艺术形象。
无支祁说：此说鲁迅最为倡导，无支祁为水怪他的形状像猿猴，塌鼻子，凸额头，白头青身，火眼金睛。他的头颈长达百尺，力气超过九头大象，常在淮水兴风作浪，危害百姓。大神禹治淮水时，无支祁作怪，风雷齐作，木石俱鸣。禹很恼怒，召集群神，并且亲自下达命令给神兽夔龙，擒获了无支祁。无支祁虽被抓，但还是击搏跳腾，谁也管束不住。于是禹用大铁索锁住了他的颈脖，拿金铃穿在他的鼻子上，把他镇压在淮阴龟山脚下，从此淮水才平静地流入东海。《西游记》确实有所借鉴，例如孙悟空的金箍棒就是禹王治水之物就有此说法，不过我个人认为不是，在于书中混世四猴中已经明确表明：赤尻马猴才是淮水无支祁。善于变化，力敌九龙，且善于控水，就连水神共工也不敢称在控水之术上稍胜他一筹，为四大灵猴之一。这与孙悟空的灵明石猴是说不过去的。
石磐陀说：有人认为孙悟空的现实原型为《三藏法师传》所载玄奘西行最困难时所收胡人弟子石磐陀。理由是孙悟空之于唐僧和石磐陀之于玄奘：1、向导作用相类；2、解决危难作用相若；3、行者身份相同；4、师徒间微妙关系相似；5、石磐陀乃胡僧，胡僧与“猢狲”音近。在宗教思想指引下，“唐僧取经，胡僧帮忙”易传为“唐僧取经，猢狲帮忙”，从而为玄奘取经故事的神魔化提供了契机。
哈奴曼说：这是胡适最先提倡的说法，他说：“我总疑心这个神通广大的猴子不是国货，乃是一件从印度进口的。也许连无支祁的神话也是受了印度影响而仿造的。”他在印度最古老的史诗《罗摩衍那》中找到一个神猴哈奴曼，认为这才是孙悟空最早的原型。
陈寅恪也论证孙悟空原型系哈奴曼，甘肃壁画中的图案却表明《西游记》故事在唐代已有流传。史学大家陈寅恪由于对佛经极为熟悉，不仅验证孙悟空的原型即《罗摩衍那》中的哈奴曼，而且又以另一部《贤愚经》作为复证，他发现“大闹天宫”的故事，本来源自两个绝不相干的印度民间故事，传入中国后，佛经传播者在讲说时有意无意将二者合一。
元曲说：孙悟空在《西游记》以前就有形象流传，典型代表就是元曲：元朝杨景贤《西游记》：
唐僧 坐骑 【火龙马】（南海火龙三太子）孙行者 法名 【孙悟空】 称号 【通天大圣】 住处 【花果山紫云罗洞】沙僧 【玉皇殿前卷帘大将军】（基本和明朝老吴设定一样）猪八戒 【魔利支天御车将军】，又号【黑风大王】 ，诸佛不怕，只怕二郎细犬。在元曲中，孙悟空并不是齐天大圣，而是通天大圣，齐天大圣是他的哥哥。而根据南宋时期《大唐三藏取经诗话》中出现的“白衣秀才猴行者”应是创造孙悟空的雏型。猴行者作为取经过程的护法形象出现，使玄奘取经故事脱离了历史原型，给取经故事增加了丰富、神奇的内容。这位猴行者不仅是“妖”、“精”，而且是一位学问渊博、文质彬彬的秀才，诚心保护唐僧西天取经。他自称花果山紫云洞八万四千铜头铁额猕猴王，能知过去未来之事，还知道西天取经有百万程途要经过三十六国，多有祸难。他能广施法力，将玄奘等六位凡夫俗子带到天上水晶宫赴斋。大梵天王赠给猴行者的隐形帽、金锡镮杖、钵盂三件法宝在西天取经、降妖伏怪、征服险阻过程中也发挥了巨大作用。这个说法应该是较为可。