《史记》在魏晋时期以传抄形式广为流传，但各本文字多不相同。南朝宋时，裴骃著《史记集解》。至唐代，司马贞作《史记索隐》，张守节作《史记正义》，这便是现存最早最有影响的“《史记》三家注”。三家注原本各自单行，宋时出现了将二家的注解一并散入《史记》正文下的刻本，即《史记集解索隐》合注本。二家注本现存三种，即南宋乾道七年建安蔡梦弼东塾刻本、淳熙二年张杅刻本和淳熙八年耿秉重刻张杅本。学界普遍认为蔡梦弼东塾本是现存最早的刻本。
以东塾本为底本，宋人又将《史记正义》与二家注同刻，构成《史记集解索隐正义》合注本，俗称“《史记》三家注本”。现存最早的合刻本是南宋庆元建安黄善夫刻本，上海涵芬楼《百衲本二十四史》之《史记》即据此刻本影印。由黄本所出的有元彭寅翁刻本、明廖铠刻本、柯维熊刻本、王延喆刻本、秦藩刻本、清同治年间崇文书局覆刻王延喆刻本、同治年间金陵书局刻张文虎校本。张文虎校本是官板善本精品，1959年中华书局即据此本出版标点本，并成海内外发行量最大、最有影响力的《史记》版本。以东塾本为母本的另一支，最早的则是蒙古中统二年刻本，由中统本所出的有明游明刻本、明建阳慎独斋刻本、明建宁官刊本以及元大德年间刻本。从大德本又分出明南京国子监刻本和北京国子监刻本。清乾隆四年武英殿刻本则从北监本出。殿本《史记》校勘精湛，有开创之功。
除二家和三家注本外，《史记》还有两种版本系统：第一系为宋刻十行本。第二系约有四种，分别为南宋绍兴年间杭州十四行刊本、南宋孝宗年间建阳刊本、南宋绍兴十年朱中奉刊十二行本和南宋绍兴年间淮南东路转运使司刻九行本。此外，《史记》还存有一种明末汲古阁《十七史》本。此本为单集解本，底本不详。清同治年间五局合刻《二十四史》之《史记》即据此本翻刻。
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