《商君书》一向被视为先秦学派法家的重要典籍，其重要阐述的是商鞅的政治理论，及治国思想，对于研究秦国的历史典制有着十分重要的地位。而商鞅的政治理论长期未后世恶意的解说、删减、曲解而饱受诟病。下面就从几个角度论述商鞅的思量内涵。
1 商鞅的国家概念
在商鞅看来国家的形成就是政治的统治工具，作为一个政治实体，其在成立之初就是以人类私有制出现为基础的。这一思想与当今社会基本一致，而且商鞅还提出法律禁令和国家机器的论说足以证明其政治思考之深彻。其对人类社会发展的思考虽不见多正确，但也从政治法律的角度探讨了国家的起源，足以成为中国政治法律思想史上的一大创建。
2 商鞅的战国大势观
弱肉强食的战国时代，国家若想存活，必须依靠强力的实力来实现，若以儒家仁义道德的论说为评判标准，弱宋就是一个可以说明一切的例子。在商鞅看来国家暴力与人类私有制的发展相一致。神农死后，人们就开始恃强凌弱，黄帝时就要依靠武力去争夺统治，尧舜禹时代就爆发了为争夺生存权利的夷夏大战，甚至王位更迭时的政变与军事斗争，直至家天下的确立。而商汤、周武无不是依靠军事强权基础而夺权成功的。换而言之，实力强权才是“汤武革命”的实质。《慎法》中“国之所以重、主之所以尊者，力也。”这与现代“弱国无外交”的思想十分类似。加之变法前夕秦国所处的国际地位“天下悲秦”的形式，商鞅崇尚耕战强秦之策，时势使然，并非所谓暴政。
3 商鞅的法制思想
法者所以爱民也，礼者所以便事也，是以圣人苟可以强国，不法其故;苟可以利民，不循其礼。礼法以时而定，制、令各顺其意。圣人不法古，不脩今。因世而为之治，度俗而为之法。
而现代很多学者忽视商鞅这些立法基础，一味聚焦于商鞅轻罪重型之过，抑本而重末，一体指斥毫不讲理，正不知其学术良知何在？
在批评商鞅轻罪重型之前，我们先来了解一下商鞅为达到法以爱民的境界是如何实现的，在做总体评说。为达到爱民、利民的目的，商鞅特别强调：制定法令“必使之明白宜知”并设置法官法令，对法律进行宣传讲解，其普法程度另后世羞愧，使万民“皆知所避就”而“无陷于险危”另有更加严格的规定，法官（并非现代意义上的法官）为民众讲解法律，若民众所犯之法法官并未讲授或讲授错误，则以连坐之法惩治。若民众所犯法律以为法官所讲并讲授正确，法官并不受处分。若法律有歧义而引发误解，则民无罪。若法律明确无误，则依法惩治。如此普法力度之下，若有人依然犯法，其并非不知乃明知故犯，必重刑以戒之。变法行之一年，风化肃然，夜不闭户，路不拾遗。十年之后，民之安泰，为六国之首。
至于实施赏罚的原则，主要是严格按法办事，“不以私害法”“赏厚而信，刑重而必”“不失疏远，不违亲近”“以功授官予爵”“刑无等级”
“有功于前，有败与后，不为损刑”这就是商鞅被后世污蔑为刻薄寡恩之原因。
“赏施与告奸”
由此可以看出，商鞅所主张的轻罪重刑并非带有惩罚性质，而是一种惩戒性质，并非要使法律成为涂炭生灵的专制武器（集权与专制并不等同，正如民主与民粹之别，后世以之为专制工具误解在于秦以后董仲舒以君权治天下，以儒学来牵制思想，以法学束人之行为，核心思想均以改变，儒非儒，法非法。但这也仅是存在专制的基础，在中华文明发展繁荣阶段如唐宋也逐渐有了朕愿与诸卿共治天下的思想，而真正的专制确立是元明清时期君权独大），而要使法律成为百姓遵守的准则，直至以刑去刑。如若刑法过轻，则犯罪成本过低，便催生了屡教不改的顽民，危及社会，不利于国家国力的凝聚。也是其“爱民”“利民”的法制思想的体现。
商鞅法制的主要目的是强国，因此，具体法令皆与农战有关。有人将商鞅在秦国一国变法的具体措施归结为法家执政唯一方略，并且无视当时秦国灭国危机（西戎作乱草场尽失，西北义渠建国占有部分草场及耕地，北部匈奴部族南下劫掠，东部河西函谷关尽失国门打开，五世乱政国无余财，20余年与魏开战民生凋敝，流民四起）之形式，若不实行战时法治以耕战为主几近灭国之危，便一口咬定变法所谓的生灵涂炭。若学者有其所谓政治立场而妄加评判，本人暂可接受如董仲舒等人，而后世一些学者毫无真知几尽与泼妇骂街般肆意诋毁。这种毛病以不仅限于对秦国对法家，对于社会事件及其他历史人物也有此番偏见，是为中国学界之害群之马。